Der ISQ wurde 1997 von Schulleiter/innen, Physiotherapeuten und Schulträgern sowie mit Unterstützung des Zentralverbandes der Physiotherapeuten (ZVK) gegründet.
Um ein Qualitätssicherungsprogramm für Schulen für Physiotherapie zu entwickeln beauftragte der ISQ das Hochrheininstitut für Rehabilitationsforschung e.V., Bad Säckingen (HRI) mit der Erarbeitung eines entsprechenden Verfahrens.
Die erste Fassung der Qualitätsanforderungen war das Ergebnis eines aufwendigen, über fast zwei Jahre dauernden Projekts, das durch das HRI wissenschaftlich begleitet wurde.
Eine umfangreiche Fragebogenaktion lieferte die Arbeitsgrundlage für mehrere Expertenrunden in denen nach dem Prinzip der Delphi-Methode Schritt für Schritt Qualitätsmerkmale zu operationalisierbaren Kriterien verfeinert wurden.
In einem Probedurchlauf wurde die Checkliste auf ihre Praktikabilität getestet und fand daraufhin im Audit-Verfahren bei der Siegelvergabe seit 2002 routinemäßige Anwendung.
Die bei der Anwendung des Instruments gesammelten Erfahrungen, die Anregungen der Mitgliedschulen sowie aktuelle Entwicklungen in der physiotherapeutischen Bildungslandschaft flossen in die erste Überarbeitung der Checkliste ein, die im Jahre 2004 stattfand.
Bei dieser Überarbeitung wurde der ISQ von wissenschaftlicher Seite durch das Bildungs- und Forschungsinstitut Physio-Akademie gGmbH, Wremen unterstützt.
Seit 2004 findet alle drei Jahre eine routinemäßige Überarbeitung der Checkliste statt. Ziel ist vor allem, die gesetzten Kriterien für eine hochwertige Ausbildung an den tatsächlichen Anforderungen und Entwicklungen in Versorgungswesen und im Bildungswesen anzupassen.
Eine Veränderung der Kern- und Pluskriterien findet sowohl inhaltlich wie auch in der Gewichtung statt. Maßgeblichen Anteil hat dabei der Akademisierungsprozess mit der Integration von Fachschulen in eine akademische Ausbildung und die Einführung von Lernfeldern und kompetenzorientierte Modulen in die Ausbildungsrichtlinien der Länder.
Die Überarbeitung der Checkliste findet unter wissenschaftlicher Begleitung der Physio-Akademie gGmbH, Wremen statt. Die Änderungen werden auf der Mitgliederversammlung vom Gremium beschlossen.